חוקי המס במדינת ישראל דורשים מכל עסק לנהל מערכת הנהלת חשבונות די מורכבת וכוללת
ברוב המקרים ספרי רישום שונים כשקיימת הבחנה בין סוגי העסקים השונים והספרים אותם הם צריכים לנהל (לדוגמא-רופא לא ינהל ספר מלאי כמו שחנות כלבו מחוייבת בו).
בראש ובראשונה יש לציין כי הנהלת חשבונות תקינה ונכונה מיועדת קודם כל לצרכי בעל העסק עצמו.
אם הנהלת החשבונות מסודרת, בעל העסק ידע תמיד מה מצבו מבחינת רווח והפסד ותזרים מזומנים.
עסקים שאין להם מערכת הנהלת חשבונות מסודרת, בדרך כלל יהיו העסקים שנמצאים במשבר ובקריסה.
הספרים הבסיסיים אותם צריך לנהל כל עסק הם:
 
ספר חשבוניות-
בו יעשה רישום של כל הח-ן שיצאו ע"י בעל העסק. בכל ח-ן שתוצא ללקוח יש לרשום את מס' העסק שלו במע"מ, כתובתו, פירוט של מה שנמכר לו, סכום העסקה, המע"מ שהתווסף וסה"כ לתשלום.  
 
ספר קבלות-בו יעשה רישום של כל התקבולים שקיבל בעל העסק. גם כאן יש לרשום את פרטי הלקוח, את פרטי הסכום ששולם, עבור מה שולם, אמצעי התשלום וניכוי במקור אם נוכה.  
 
ספר תקבולים ותשלומים (לעצמאים)-בו ירוכזו התקבולים(הקבלות)שהוציא העסק ומולן התשלומים (ההוצאות) שהוציא העסק ברמת סיכום חודשית.
מספר זה נגזר בסוף השנה דוח רווח והפסד המהווה למעשה את הבסיס לחיוב המס.
 
מלבד ספרים אלו קיימים בחלק מהעסקים גם ספר הזמנות, ספר מלאי, ספר תעודות משלוח,
ספר קופה,ספר הפקדות ועוד.
 
כל הספרים ההלו צריכים להיות ספרים(פנקסים) כרוכים הכוללים מקור והעתק.
לחילופין ניתן להשתמש בתוכנת הנהלת חשבונות שאושרה ע"י הרשויות.
 
חשוב מאוד לדעת ששימוש בתוכנה כזו אינו בא במקום יועץ מס ותוכנה זו משמשת ככלי עזר לנהול העסק בלבד.    
 
בכל מקרה מומלץ להתקשר עם יועץ מס שהוא בר סמכא בתחום ולקבל יעוץ מקצועי שוטף לגבי ההתנהלות השוטפת, ספרי החשבונות הנדרשים בעסק ותכנון מס נכון בעסק.